Την Άνοιξη του 2006 το Σταυροχώρι αναστατώθηκε από τις διαμαρτυρίες κατοίκων για ρύπανση του περιβάλλοντος με υγρά απόβλητα του εργοστασίου παραγωγής βιοντίζελ. Μετρήσεις του δήμου Κιλκίς απέδειξαν ότι τα όρια επιτρεπτών ρύπων είχαν  παραβιαστεί και ο Δήμαρχος κ. Δ. Τερζίδης είχε ζητήσει την παρέμβαση της Εισαγγελίας. Το θέμα προκάλεσε έντονες αντιδράσεις και μάλιστα στις 26 Απριλίου είχε οργανωθεί λαική συνέλευση, όπου πέραν των κατοίκων είχαν εκφράσει τη δυσφορία τους και γνωστοί επενδυτές της περιοχής.

Με τον όρο ρύπανση υδάτων εννοούμε την οποιαδήποτε ανεπιθύμητη αλλαγή στα φυσικά, χημικά και βιολογικά χαρακτηριστικά του νερού των θαλασσών, λιμνών ή ποταμών, η οποία είναι ή μπορεί υπό προϋποθέσεις να γίνει ζημιο-γόνος για τον άνθρωπο, τους υπόλοιπους φυτικούς και ζωικούς οργανισμούς αλλά και τις βιομηχανικές διαδικασίες και τις συνθήκες ζωής.