Οι 5 δικαστές που μειοψήφησαν είναι η αντιπρόεδρος Σπυριδούλα Χρυσικοπούλου και οι σύμβουλοι Επικρατείας Ιωάννης Μαντζουράνης Θεόδωρος Αραβάνης, Μιχάλης Πικραμένος και Αναστασία-Μαρία Παπαδημητρίου.

Και μπορεί η εν λόγω απόφαση της Ολομέλειας να μην έχει ακόμα καθαρογραφεί, η μειοψηφία ωστόσο - όπως έγινε γνωστό- επισημαίνει ότι το Σύνταγμα και οι διεθνείς συμβάσεις ουδόλως υποχρεώνουν τον νομοθέτη να προσδώσει στο μάθημα των θρησκευτικών ομολογιακό ή κατηχητικό χαρακτήρα, γιατί αυτό θα ισοδυναμούσε όχι με «ανάπτυξη” θρησκευτικής συνείδησης, αλλά με «επιβολή» θρησκευτικής συνείδησης συγκεκριμένου περιεχομένου.
Στοιχειο που αντίκειται στις αρχές της θρησκευτικής ουδετερότητας και της πολυφωνίας που διέπουν την παροχή της εκπαίδευσης από το Κράτος και θέτει σε κίνδυνο το δικαίωμα του μαθητή να επιλέξει και να διαμορφώσει κριτικά ουσιώδες στοιχείο της προσωπικότητάς του και της αντίληψής του για τον κόσμο και τον άνθρωπο.

Η μειοψηφία αναφέρει επίσης ότι η απόφαση του Νίκου Φίλη υπηρετεί τους σκοπούς της παροχής από το Κράτος θρησκευτικής εκπαίδευσης πολυφωνικής και αξιολογικά ουδέτερης και παρουσιάζει επαρκώς τη διδασκαλία της Ορθοδοξίας, όπως προβλέπει το Σύνταγμα και οι διατάξεις των διεθνών συμβάσεων.