Ο Σταύρος Κουτρής αποστρατεύθηκε το 2011 ως Αντιστράτηγος και του απονεμήθηκε ο τίτλος του Επίτιμου Διοικητού της 98 ΑΔΤΕ “ΜΕΡΑΡΧΙΑΣ ΑΡΧΙΠΕΛΑΓΟΥΣ”, ενώ στη συνέχεια διετέλεσε εξωτερικός συνεργάτης και διαλέκτης της Σχολής Εθνικής Αμύνης και της Σχολής Πολέμου του Στρατού Ξηράς.
Το 2020 εξελέγην Πρόεδρος της Ενώσεως Αποστράτων Αξιωματικών Στρατού (Ε.Α.Α.Σ.) με τριετή θητεία.