Για το λόγο αυτό, ακολουθώντας όλες τις προβλεπόμενες διαδικασίες το Υπουργείο ξεκαθάρισε το τοπίο προκειμένου να αποκατασταθεί η αλήθεια και η δικαιοσύνη σε εκείνες τις περιπτώσεις που θίγονταν τα συμφέροντα των πραγματικών δικαιούχων, αλλά και να απενταχθούν από το πρόγραμμα και να  επιβληθούν όλες οι προβλεπόμενες κυρώσεις σε εκείνες τις περιπτώσεις που κατά το διάστημα της ένταξης τους δεν πληρούσαν τις νόμιμες προϋποθέσεις.
Ειδικότερα, επισημαίνονται τα εξής:
1. Επί κυβερνήσεως ΠΑΣΟΚ έγινε δεκτή η γνωμοδότηση της Ολομέλειας του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους, σύμφωνα με την οποία δασικές εκτάσεις (δασολίβαδα, χορτολίβαδα, θαμνολίβαδα) είχαν νομίμως ενταχθεί στο πρόγραμμα «Μακροχρόνια Παύση Εκμετάλλευσης Γεωργικών Γαιών – Καν. (ΕΟΚ) 2078/92», εφόσον κατά το χρόνο της ένταξής τους χρησιμοποιούνταν, αποδεδειγμένα, ως βοσκότοποι.
2. Το Δεκέμβριο του 2004, με την ΚΥΑ 134186/9-12-2004, η οποία εκδόθηκε προκειμένου να εφαρμοστεί ο σχετικός Κανονισμός της Ε.Ε. και η Απόφαση της Ολομέλειας του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους, συστάθηκε πενταμελής επιστημονική Κεντρική Επιτροπή Ελέγχου, με επικεφαλής τον κ. Κοντόλαιμο Βασίλειο, Νομικό Σύμβουλο του Κράτους που υπηρετεί στο Ειδικό Γραφείο Νομικού Συμβουλίου του Κράτους στο Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων (Ειδικό Γραφείο Κοινοτικού Δικαίου) και τη συμμετοχή ειδικών επιστημόνων, προκειμένου να εξετάσει τις εκτάσεις που είχαν ενταχθεί και να εισηγηθεί στον Υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων σχετικά με τη νομιμότητα ή μη της επιλεξιμότητάς τους.
Η Επιτροπή, εφαρμόζοντας όσα είχε υποχρέωση από την ανωτέρω ΚΥΑ,  προχώρησε στην εξέταση μίας προς μία των περιπτώσεων (78 συνολικά) και αποφάνθηκε για τη νόμιμη επιλεξιμότητα όλων εκείνων, που κατά το χρόνο της ένταξης τους οι αντίστοιχες εκτάσεις, χρησιμοποιούνταν αποδεδειγμένα ως βοσκότοποι και οι δικαιούχοι ήταν νόμιμοι κάτοχοί τους, που είχαν απώλεια εισοδήματος από την ένταξη.
Απένταξε δε όλες τις εκτάσεις (38 συνολικά), μεταξύ των οποίων 21 δικαιούχοι ήταν εταιρίες, που είχαν συσταθεί αποκλειστικά και μόνο για την είσπραξη κοινοτικών ενισχύσεων, χωρίς προηγουμένως να έχουν απώλεια εισοδήματος από την εκμετάλλευση των εκτάσεων ως βοσκοτόπων. Παρέπεμψε δε τρεις από αυτές τις εταιρίες στη Διοίκηση προκειμένου η τελευταία να εξετάσει αν κατά το χρόνο της ένταξής τους οι δικαιούχοι τις χρησιμοποιούσαν ως βοσκοτόπους ως νόμιμοι κάτοχοί τους, δεδομένου ότι από τα υπάρχοντα στοιχεία δεν προέκυπτε σαφώς η νόμιμη κατοχή τους.  
Τέλος, σε καμία περίπτωση η Επιτροπή δεν δέχτηκε ως επιλέξιμη δημόσια δασική έκταση, η οποία κατά τον χρόνο της ένταξής της αποδεδειγμένα, σύμφωνα με τα υπάρχοντα στοιχεία των φακέλων, δεν χρησιμοποιούνταν με νόμιμο τρόπο ως βοσκότοπος.
3. Σε κάθε περίπτωση πρέπει να τονιστεί ότι η αυξημένη προστασία, που παρέχει το Σύνταγμα και η εθνική νομοθεσία στα δάση και στις δασικές εκτάσεις, διασφαλίζεται πληρέστερα με την ένταξη των εν λόγω εκτάσεων στο συγκεκριμένο Πρόγραμμα, που έχει στόχο τη δημιουργία βιοτόπων και φυσικών πάρκων και απαγορεύει ρητώς κάθε ανθρώπινη δραστηριότητα, που είναι αντίθετη με τον σκοπό αυτό.
4. Σε ότι αφορά στη διαδικασία που ακολουθήθηκε, σωστά εστάλησαν τα σχετικά πρακτικά της πενταμελούς Επιτροπής στις Διευθύνσεις Αγροτικής Ανάπτυξης, προκειμένου να ενεργήσουν για τα περαιτέρω όπως ορίζουν οι σχετικές διατάξεις (καταβολή ή επιστροφή ενισχύσεων, τυχόν έντοκη είσπραξη αχρεωστήτως καταβληθέντων), δεδομένου ότι οι σχετικές συμβάσεις με τους φερόμενους ως δικαιούχους είχαν υπογραφεί από αυτές.